(sein Geburtsregister verzeichnet den immer wieder benutzten zweiten Vornamen Matthias nicht) wurde am 23.März 1750 in dem seinerzeit niederösterreichischen Städtchen Feldsberg (heute Valtice/Tschechien) als Sohn eines städtischen Hirten geboren. Da ein Taufpate Bediensteter am Fürstlich-Liechtensteinschen Hof war müssen familiäre Verbindungen zum Hof bestanden haben, was für die bislang noch nicht geklärte Ausbildung von Johannes von Bedeutung gewesen sein kann. Wahrscheinlich hat auch die Musikpraxis des Ordens der Barmherzigen Brüder anregend auf die musikalischen Interessen Spergers eingewirkt. Spätesten 1767 begab Sperger sich zur weiteren musikalischen Ausbildung nach Wien, wo er bei Johann Georg Albrechtsberger Theorie- und bei Friedrich Pichelberger Kontrabaßunterricht nahm. Auch das nachfolgende Jahrzehnt von 1767 bis 1777 konnte bislang nur wenig erhellt werden. Um 1776 heiratete er die aus Linz (Donau) gebürtige Anna Tarony. In diese Zeit fällt auch die Komposition seiner ersten Sinfonien (A 1 bis A 6). Es ist bis jetzt unbekannt, in welchem Orchester Sperger tätig war, ehe er 1777 den Dienst in der Kapelle des Fürstbischofs und späteren Kardinals von Ungarn, Fürst Joseph von Batthyäny in Preßburg (Bratislava) aufnahm. Sperger entfaltete in seinen Preßburger Jahren 1777 bis 1783 eine außerordentliche Produktivität auf den Gebieten der Sinfonie, des Solokonzertes, der Feldpartien und der Kammermusik. Ab 1778 war er zudem Mitglied der Wiener Tonkünstlersozietät, in dessen Konzerten er mehrfach mit eigenen Werken (Sinfonien und Konzerten) und als Solist auftrat. Infolge der Reformbestrebungen Kaiser Joseph II. musste Fürst Joseph von Batthyany 1783 seine Hofkapelle auflösen. Zwischen 1783 und 1786 war Sperger Mitglied der Hofkapelle des Grafen Ludwig von Erdödy in Kohfidisch (heute im südlichen Burgenland, Österreich, gelegen).
1789 wurde er an die Mecklenburgisch - Schweriner Hofkapelle berufen. Er starb dort 1812.
Quartett für Horn, Violine Viola und Bass in Es-Dur
Dieses Quartett liegt als Manuskript (Mus 5190/21) in der Musikaliensammlung der Landesbibliothek Mecklenburg-Vorpommern in Schwerin. Der Hornpart geht bis zum klingenden as``. Das Manuskript liegt als Partitur vor. Nachträglich wurde der 3.Satz, ein Adagio eingeschoben, auf der Rückseite finden sich verschiedene Skizzen zu Menuetten. Dieses Manuskript ist mit hoher Wahrscheinlichkeit keine Abschrift sondern ein Original aus Spergers Hand und wird zum ersten mal im Druck veröffentlicht.